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菠萝微卫星指纹图谱的构建_SSR

时间:2012-04-17  作者:佚名
图2 部分菠萝种质分子指纹图谱

Fig. 2 Molecule fingerprinting of partial accessions

A: 台农六号; B: 中原巴厘; C: 夏威夷; D: Alexandri; E: Pattavia; F: Puket

A: Tainong-6 ; B: Comte De Paris ; C: Hwaaii; D: Alexandri; E: Pattavia; F: Puket

2.1.3标准图谱的构建

用5个不同引物对每一品种进行扩增,将每个引物在该品种中扩增出的带型与每个引物的标准带谱进行比较归类,这样每个品种将会有5个有英文字母和阿拉伯数字组成的代码,这一代码既是该品种的分子指纹图谱(表3)。部分品种分子指纹图谱见图2。

表3 31份菠萝材料分子指纹图谱

Table 3 Fingerprintingfor 31 pineapple varieties

序号

名称

指纹图谱

序号

名称

指纹图谱

No.

Name

Fingerprinting

No.

Name

Fingerprinting

1

沙捞越Sarawak

A3B6C4D6E6

17

品资所未名Pinzisuweiming

A2B2C7D2E4

2

台农六号Tainong-6

A6B5C4D7E6

18

Creanme pine

A2B5C7D6E2

3

台农廿号Tainong-20

A1B4C7D6E5

19

Common Rough

A2B3C2D2E4

4

台农十七号Tainong-17

A4B2C6D2E4

20

Natal Queen

A5B3C4D4E1

5

徐利台农Xuli Tainong

A2B2C1D2E4

21

Queensland Cayenne

A2B7C4D4E5

6

日本菠萝Japan

A1B5C6D1E5

22

Riply Queen

A2B4C2D2E4

7

台农十九号Tainong-19

A3B7C7D4E4

23

MacGregor

A2B3C1D2E4

8

HB

A1B5C6D2E5

24

金菠萝Jin

A1B1C7D6E2

9

中原巴厘Comte De Paris

A6B2C4D7E4

25

Fresh Premium

A6B4C4D7E4

10

泰国 THRThailand THR

A6B2C2D7E4

26

Perolera

A4B6C6D2E4

11

台农十八号Tainong-18

A3B5C4D5E6

27

Alexandria

A2B2C2D2E4

12

十月田Shiyuetian

A5B2C7D4E1

28

Pattavia

A1B3C7D2E4

13

夏威夷Hwaaii

A2B5C7D2E4

29

Puket

A5B3C3D4E4

14

红西班牙Red Spanish

A4B4C5D3E3

30

巴西引夏威夷Hwaaii

A4B6C4D2E4

15

台农16号Tainong-16

A5B3C7D4E1

31

台农4号Tainong-4

A5B4C1D4E1

16

植物园菠萝Zhiwuyuan

A5B2C4D4E1

 

 

 

 

 

 

2.2 菠萝材料的SSR分析

利用选出的5对引物对31份菠萝材料进行分析,所有引物均能够在供试材料中扩增出稳定特异条带,每对引物可以检测到多态性条带8-15个,平均11个,引物的多态信息含量(PIC)为0.6437~0.7928,平均0.7373,说明我们选择的引物适合于对该批样品进行指纹标记。对样品扩增结果进行分析SSR,发现每对引物都不能单独将所有供试材料完全区分开,只能将些材料区分为6~7组。其中有四对引物在31份材料扩增时具有特征带谱;分别为EP-13的金菠萝;EP-15的Puket、红西班牙;EP-20的日本菠萝、台农十八号、红西班牙;EP-24的红西班牙。

把5对引物分别进行2对、3对引物组合后发现,任2对引物组合都不能将所有供试材料区分开。引物EP13和EP-15引物组合后,发现能区分17份材料,加上EP-20后其余均能区分。

其它任意三对组合均不能将31份材料完全区分开论文怎么写。

3 讨论

3.1引物的选择及图谱构建

本实验利用EST-SSR开发的20对多态性引物,从中筛选能够扩增出稳定的带型且不同材料之间差异明显的 SSR引物,最后选取了5对多态性高、扩增条带清晰、重复性好、分辨率高的SSR引物对作为标准引物,用于构建31份菠萝材料的DNA指纹图谱。把5对引物分别进行2对、3对引物组合后发现,任2对引物组合都不能将所有供试材料区分开。引物EP13和EP-15引物组合后,发现能区分17份材料,加上EP-20后其余均能区分。其它任意三对组合均不能将31份材料完全区分开。考虑到鉴别品种指纹的可信度与准确性,我们将5对引物全部组合来绘制菠萝的指纹图谱。

但有限的引物只能适用于一定数量的样品群体,对于所有的菠萝品种或出现新品种时,难免会出现同一引物在不同品种间出现相同谱带的现象SSR,此时应采用不同的引物组合或者筛选新的SSR引物将其区别开,以补充和扩展现已建立的初步指纹图谱。随着对指纹图谱研究的不断深入,可对那些适合于指纹图谱研究的引物进行归类,最终确立一套适合构建菠萝DNA指纹库的核心引物。对于后续研究者,可借鉴前人的经验,减少合成引物的成本,同时也减少筛选引物的成本和繁重工作。

指纹图谱的构建采用了王立新等[13]记录小麦SSR带型的方法,而不是传统的用1和0数据记录每条带纹,此种方法的优点是一、适合用于带型种类多、每种带型的带纹数目多、带纹分布不均匀的材料。二、它是针对每种带型赋予不同的编号以示区别,在确定待测品种某 SSR 位点的带型时,将待测品种的SSR带型与该引物标准带型可在同一块胶上电泳,进行比对,便可确定待测品种的带型编号,增加引物数量或增加实验材料SSR,有可能会增加不同的带型,这样可以继续用英文和阿拉伯数字表示增加的引物和带型,不影响以前的记录结果,方便易行[14]

3.2微卫星标记的选择

优良品种是作物获得高产的基础,而品种混杂和纯度降低会明显降低产量,快速准确地鉴定品种和进行纯度分析对于种子质量标准化、品种审定、种性辨别、产权保护均有重要作用。种质资源的遗传多样性及亲缘关系信息是育种工作的基础,对优良品种的遗传多样性进行准确的评价可以为亲本选配、后代遗传变异程度及杂种优势水平的预测提供预见性指导,这是育种目标能否成功实现的关键。

目前菠萝的分类方法仍存在一些问题,如分类标准难以统一、分类结果不一致;地区及国际间的种质频繁交流而导致同名异物、同物异名现象存在,造成了菠萝品种名称混乱的现象,而且各大类群品种的变异性大,这不但阻碍了菠萝种质资源的合理利用,也影响了菠萝的品种改良与育种论文怎么写。关于菠萝种质分析的研究情况,最早是对它进行同工酶分析(文献)SSR,随着分子标记技术的出现, 在国外仅有少数应用RFLP、RAPD对菠萝种质资源分类的报道,如M.F Duval等(2001)应用RFLP技术对菠萝种质资源进行多样性研究[11]

Claudete deFatima Ruas等(2001)应用RAPD分子标记对18份菠萝种质进行了分子评价,得出供试菠萝栽培种的相似系数在0.85以内[10]

Sergio feuser等应用RAPD对菠萝种质进行了分子评价。而菠萝的SSR标记相关的研究报道很少[15]

与其它标记RAPD, RFLP及AFLP相比,以微卫星序列为基础的SSR标记在DNA指纹库构建上显示了独特的优越性。SSR标记数量丰富,覆盖整个基因组,揭示的多态性高;具有复等位基因的特性,提供的信息量大;以孟德尔方式遗传,呈共显性;每个位点由设计的引物序列决定,便于不同实验室相互交流合作开发引物,获得的资料能够在不同实验室重复并共享[16]

4结论

利用5对SSR引物对31份菠萝指纹图谱的初步构建,说明了微卫星标记适合用于菠萝种质指纹分析的研究。


参考文献:
[1]INSTITU OF FRUIT TREE RESEARCH GUANGDONG ACADEMY OF AGRICULTUR- AL SCIENCES. Pineapple and Cultivation. Beijing. ChinaLightIndustryPress[M]. 1987,83 -99.
 

 

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