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具体差距的主要原因，一是公共卫生应用系统建设信息化投入不足，回顾十年来，疾控体系能力建设，国家重点加强了各级疾控机构实验室能力的建设，而忽视了对公共卫生信息化的投入。省以下的公共卫生机构缺乏专项资金建设投入，因此投入不足是首要的问题。二是信息系统建设与疾控体系建设和能力建设发展不平衡。从2003以来，全国疾控机构基础能力建设取得了一定成绩，疾控机构的基础条件显著提升。各级疾控中心中最好的是实验室。但是，信息化建设并没有得到过多的推动，以至于造成目前地方疾控能力实验室“腿长”，信息化“腿短”。
随着深化医改的信息化建设的推进，国家提出了“46312”人口健康信息化发展的总体规划，其中很重要的就是推进三大基础数据库建设，即电子病历、电子健康档案和全员人口数据库。在公共卫生的监测、干预和评价活动过程中应该如何利用三大数据库成为当前需要迫切落地实施的重要内容。解决医防信息结合问题是切入点，促进开放共享电子病历、电子健康档案和全员人口数据库，实现信息系统的互联互通是重要抓手。信息化的发展必然带来业务流程的改变，业务模式的重构依赖于管理的变革，而工作的核心是管理思想的变革。
公共卫生信息化的目的和意义
通过信息化手段，优化公共卫生服务流程，提高服务能力。业务的发展速度比人才队伍发展要快。多年来疾控机构的编制基本上没变，但工作任务却在逐年增加。从财政逐年提高的卫生经费来看，业务量随之增加，但是人员却没有增加，所以只能通过信息化手段来减轻现有人员新增工作的负担。
通过信息化手段，可以规范业务标准。信息系统建设必须标准化，它的基本原理决定了在建系统的过程中必须建立业务规则，比如规范业务流程，获取哪些业务需求指标，采集哪些数据。因此信息化建设能够促进业务标准的制定。另外，通过信息化实施有助于整合公共卫生资源，提高管理能力，提高工作效率。
以传染病报告为例。医生填写纸质报告卡差错率为5%，录入系统过程中差错率为5%，多一个手工操作环节就会多5%的差错率，所以从医生诊断到录入计算机，平均差错率为5%～10%。而信息化手段能够减少手工环节，降低差错率，提升信息质量。
因此，公共卫生监测系统与医院信息系统能够对接，让电子病历或电子健康档案直接实现交换医生工作站疾病诊断信息，则手工环节造成的差错率就不存在了。
疾控信息化目标
疾控信息化的建设目标制订必须与现行的组织管理体系相符合，要符合国情。我国省级疾控中心32个、地市345个、县级2000个，如此庞大的疾控体系如何建设？纵向如何运行？这对目标的制订是一个挑战。
总体目标需要建立和完善由中央和地方有机组成的全国统一的公共卫生监测信息系统网络，实现人群疾病与健康相关信息快速收集、综合分析和多方利用。疾控机构互连成网，信息互联互通。在分级管理的过程中实现对人群疾病和健康相关信息的快速收集、综合分析和多方利用。
首先，要建立省级、地市级两级疾控应用数据分中心，并依托电商外网或者其他的商用专网甚至是用互联网来构建虚拟的专网，对上与国家的数据中心连接，对下要与区域的卫生平台，甚至是医疗机构来对接，从而实现三级数据平台的互联互通。
第二，应用国家统一标准，建立分布式业务系统，促进地方疾控工作数字化。公共卫生的业务逻辑必须高度统一，不能各自为政，数据统一采集，信息分级利用。公共卫生数据汇总不是简单的统计相加，全国的发病率不是全国各省发病率相加再除以32，每一层面都需要从最基础的原始数据进行统计。因此，公共卫生管理的特点是纵向到底，横向到边。这与医院的点状管理模式不同，医院解决的是一个独立机构内的信息管理问题，面向的对象是个体，而公共卫生面向的是人群，公共卫生服务的区域有多大，信息管理要素就应该有多大。
第三，构建信息资源共享平台，实现三级平台疾控公共卫生应用信息系统建设与应用。构建统一的公共卫生资源共享平台，支撑基本公共卫生服务均等化需求，并将服务范围延伸至边远欠发达地区。我国目前区域经济发展不平衡，大多偏远地方没有资源和能力来构建自己的信息化服务平台，可以通过资源共享平台，把信息管理与利用的差距通过信息化手段来“抹平”，从而促进共同发展，保障公共卫生数据的完整性。
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