| 但是由于两套班子权力运行的范围、层面、作用的人群、效果不同，在实际工作中又会出“各自为政”的局面。
其次，由于科研院所组成人员政治派别的特殊性，现有的党政配合模式会出现执政空白。以中国中医科学院为例，共产党员与党外人员的比例为1.3：1。有的二级单位，出现了领导班子没有共产党员的情况，有的单位则是中层以上的领导班子党外人员的数量超过共产党员。这种现状造成的后果是党委的意见不能在较大范围内得以传达、贯彻、执行，而民主党派的意见也由于基层政治协商机制的不健全不能有效进入决策系统。
三、加强科研院所党政权力配合的有效途径
1、党的领导与行政实践相结合
列宁认为党的领导首先是政治领导，同时也是组织领导，党的十二大报告，坚持和发展了列宁的这一思想，指出“党的领导主要是思想政治和方针政策的领导，是对于干部的选拔、分配、考核和监督，不应当等同于政府和企业的行政工作和生产指挥”。具体到行政首长负责制的实践，那就是：（1）党主要是通过权力机关，把党的路线、方针、政策形成决议，交予行政首长执行；（2）党主要是对行政工作的路线、方针、政策的领导，对于具体的行政执行事务，全部由行政首长依法处理；（3）党通过向权力机关推荐行政首长候选人，将素质好、水平高、政治立场坚定的党员推荐到行政首长的领导岗位上；（4）党对行政首长执行党的路线、方针、政策的效能情况实施政党监督，向权力机关提出建议，这是完善首长负责制与坚持党的领导的统一体。
2、扩大交叉任职的范围和层次
目前，在规模较大的科研院所，“交叉任职”的范围多限于行政领导班子成员进入党委班子，党委书记为专职，不参与行政决策，形成“单向进入“的局面。这就有可能造成党委对全院整体工作把握不够全面、不具体，在制定政治方针、政策时会出现偏差。而对于除行政一把手外的党外副院长，则不能及时、有效地将党委意图贯彻到日常业务工作中。
这就要求我们打破原有的单向任职模式，使党委成员进入行政领导班子，党委的纪检、宣传、组织等部门人员与相关行政部门联合办公，在人员分配上可以“兼职”。
3、在权力监督的基础上，形成合理的权力制衡机制
党的十七大报告指出，“完善制约和监督机制，保证人民赋予的权力始终用来为人民谋利益。建立健全既相互制约又相互协调的权力结构和运行机制”。在行政运行系统内，上级监督下级是相当有效的，但其监督面和精力有限；平级的监督和下级对上级的监督，相对而言停留在意义层面上。
长期以来，“上级监督太远，同级监督太软，下级监督太难”是普遍存在的现象。在科研院所内部，由于党委、行政领导成员的职务交叉少，两个系统的办事部门业务往来少，具体表现为：一是平级部门或干部之间不存在上下级隶属关系，其相互监督不受权力影响，而显得乏力。二是平级其他领导可能并不完全了解情况，其监督缺乏依据和主动性。三是出于对分管同事的信任和尊重，或者说是“官官相护”，客观上会被误导其监督的责任心。
在实现职务交叉的基础上，保证权力的合理流向，实现决策的民主化、科学化是解决这一问题的有效途径。党政一把手要起到模范带头作用，尤其是纪检监查部门要真正发挥在机制运行中的权力监督作用。为保证科研院所事业的良性发展，防止、遏制滥用职权，不能单纯依赖上级的监督，重要的是发挥同级监督的作用，针对不同事项的决策，应赋予相关的部门以咨议权、质询权，重要决策过程的旁听全，必要时可以参与决策。
4、探索多渠道、多形式的政治协商，提高执政效率
“三会”（党员代表大会、工会、职代会）是目前各方面人士参政、议政的最主要形式，但是一段时间以来“三会”成为“工作通报会”，每年召开一、两次，领导总结、通报工作安排成为这类会议的主要内容，而职工参与的机会少。为了解决这一问题，还可以采取民主协商会、小范围谈心会、座谈会等形式。
针对科研院所民主党派人数多这一现状，要完善中国共产党同各民主党派的政治协商，高度重视党外人士的实职和政治安排工作，高度重视党外后备干部队伍的培养选拔工作，高度重视统一战线和多党合作工作的制度化、规范化、程序化。
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